ambisens
le génome
de certains virus est un ARN monocaténaire
segmenté. Un ou plusieurs segments sont
ambisens : une portion du segment est
ARN -
et l'autre portion, soudée à la première,
est ARN +
.
Arenavirus
et quelques Bunyavirus ont un tel génome.
anti-oncogène
gène
codant une protéine capable de
s’opposer à l’action d’un gène
oncogène.
arbovirus
(arbovirus
= arthropode borne virus)
virus
transmis par piqûres d'arthropodes
(insectes divers, surtout les moustiques,
les tiques et les puces).
On
connaît plus de 500 arbovirus dont 80
sont capables d'infecter l'homme.
ARN
polymérase
ce
terme est utilisé lorsqu'une distinction
ne peut être faite entre les enzymes de réplication
(ARN réplicases ou réplicases) et les
enzymes de transcription (ARN
transcriptases ou transcriptases) : c'est
le cas pour l'enzyme du virus poliomyélitique.
ARN réplicase
ce
terme est réservé à l'enzyme qui synthétise
les brins génomiques (les génomes de la
descendance), quelle que soit leur polarité.
abrégé
: la réplicase
ARN
transcriptase
ce
terme est réservé à l'enzyme associée
au virion et qui synthétise l'ARN
messager.
abrégé
: la transcriptase
assemblage
phase
terminale du cycle de multiplication
d’un virus au cours de laquelle tous les
composants nécessaires à la formation de
nouveaux virions se condensent en des
sites particuliers de la cellule et
s’assemblent, le plus souvent par un
processus d’auto-assemblage.
bactériophage
souvent
appelé "phage"
virus
qui se réplique dans une bactérie.
bourgeonnement
phase
de libération des virus enveloppés par
extrusion (on dit aussi par
"bourgeonnement) à travers une
membrane cellulaire (cytoplasmique le plus
souvent, nucléaire, ou réticulum
endoplasmique).
brin
codant, brin non codant
Une
ambiguïté existe sur les termes de brin
codant et brin non codant.
En
effet, pour certains auteurs, le terme de
brin codant désigne soit le brin
transcrit, soit le brin non transcrit.
On a
adopté la convention de désigner comme
brin codant le brin non transcrit, c'est
à dire le brin possédant la séquence de
l'ARN messager codé (à une substitution
de bases près (U/T).
brin négatif
brin
d’acide nucléique dont la séquence de
base est complémentaire de celle du brin
codant.
virus
dont le génome est composé d’un brin
d’acide nucléique négatif (le brin est
souvent un ARN mais peut être aussi,
rarement, un ADN).
cadre
de lecture
une
des trois phases possibles de lecture de
l'enchaînement des triplets sur un brin
d'ADN ou d'ARN.
Un
cadre de lecture est dit
"ouvert" pour une séquence nucléotidique
ne comportant qu'une succession de codons
signifiants (hormis le codon stop à son
extrémité).
capside
du
grec capsa : la boite
coque
protéique rigide protégeant le génome
viral.
la
capside permet de définir le type de symétrie
du virus : hélicoïdale, icosaédrale (ou
cubique), mixte (les phages avec une
queue) ou complexe (Poxvirus).
capsomère
unité
morphologique de la capside, visible au
microscope électronique, constituée par
l'assemblage de sous-unités protéiques
identiques ou différentes.
cellule
en lignée continue
cellule
devenue capable de croître indéfiniment
(cellule "immortalisée").
Ainsi,
les cellules Hela ont été isolées en
1951 d'une patiente atteinte d'un
carcinome du col de l'utérus (Elle
s'appelait Helen Lane).
Les
cellules en lignée continue sont utilisées
pour la multiplication des virus.
cis-acting
élément
génétique affectant l’activité
d’une région contiguë (c’est à dire
sur la même molécule d’acide nucléique).
Promoteurs de transcription et " enhancers "
sont des séquences " cis-acting "
adjacentes aux gènes dont ils contrôlent
la transcription.
coiffe
motif
de 7-méthyl-guanine, rattaché au premier
nucléotide des ARN messagers viraux de
l'hôte et des ARN-m viraux par une
liaison inhabituelle 5'-
5'.
décapsidation
terme
définissant les événements qui
surviennent après la pénétration du
virion dans la cellule-hôte : la
capside est partiellement ou totalement décomposée
et le génome se trouve en contact avec le
cytoplasme sous la forme d’un complexe
nucléo-protéique.
éclipse
période
du cycle de multiplication d’un virus au
cours de laquelle aucune particule virale
complète n’est visible : la phase
d’éclipse commence à la décapsidation
et se termine à la phase d’assemblage.
La période d'éclipse correspond aux
synthèses des constituants du virus : réplication
du génome et synthèse des protéines
virales.
enhancers
éléments
génétiques agissant en cis (cis-acting
elements) qui activent la transcription
des gènes ou la traduction des ARN-m.
enveloppe
membrane
cellulaire remaniée acquise par les virus
"enveloppés" au moment de la
phase de libération.
épissage
différentiel
correspond
à l'existence de plusieurs schémas d'épissage
d'un transcrit primaire d'ARN, aboutissant
à la formation de différents
ARN-messagers et pouvant donner lieu à la
synthèse de plusieurs protéines différentes.
eucaryote
organisme
dont le matériel génétique – des
paires de chromosomes identiques (donc
diploïde : 2 n) – est isolé du
cytoplasme par une membrane nucléaire.
forme
réplicative (FR)
intermédiaire
nucléique à deux brins d'ARN permettant
la réplication du génome viral.
gènes
chevauchants
Une
même séquence génétique peut être lue
dans 2 ou 3 cadres de lecture différents,
doublant ou triplant les capacités de
codage.
Les Papovavirus,
le virus de l'hépatite B utilisent cette
stratégie économique.
gènes
précoces
gènes
transcrits et traduits dès la pénétration
du virus
gènes
tardifs
gènes
viraux s'exprimant après le déclenchement
de la réplication du génome viral
hémagglutination
agglutination
des globules rouges par des protéines
virales (d'enveloppe ou de capside).
hétéroduplex
appariement
de chaînes nucléotidiques complémentaires,
de nature différente (hétéroduplex
ADN/ARN) ou d'origine différente.
icosaèdre
(eikosi
= 20)
solide
à vingt faces planes.
l'icosaèdre
régulier a pour faces vingt triangles équilatéraux
égaux.
infection
abortive
infection
virale au cours de laquelle le cycle de
multiplication s'arrête prématurément
sans qu'il y ait production de nouveaux
virions.
infection
productive
infection
virale "complète" à l'issue de
laquelle des nouveaux virions
apparaissent.
intégration
insertion
d'une séquence exogène dans l'ADN génomique
d'une cellule-hôte. Cette intégration
est catalysée par une endonucléase nommée
intégrase chez les rétrovirus. Le génome
viral intégré sous forme d'ADN est appelé
le provirus.
IRES
(internal
ribosome entry site)
région
du génome des virus à ARN + qui permet
l'association des sous-unités
ribosomiques et la traduction du génome
viral.
kb
(kilobase
=1000 nucléotides)
unité
de mesure des acides nucléiques monocaténaires.
kbp
(kilobase
pairs = 1000 paires de nucléotides)
unité
de mesure des acides nucléiques bicaténaires.
lysogénie
possibilité
pour un phage de se maintenir sous une
forme intégrée (prophage) dans
l'appareil nucléaire d'une bactérie sans
entraîner de lyse bactérienne.
l'induction
du prophage entraîne sa séparation du génome
bactérien et son entrée dans un cycle de
multiplication.
maturation
phase
tardive du cycle au cours de laquelle sont
observés des changements de structure de
la particule virale liés à la protéolyse
de certaines protéines de capside par une
protéase virale.
La
maturation est indispensable pour que la
particule virale soit infectieuse.
monocistronique
ARN
messager (ARN-m) transcrit d’un seul gène
(un cistron = un gène) et codant, par
conséquent, un seul polypeptide.
se
dit aussi d’un génome viral produisant
de tels ARN-m
montage
(splicing)
modification
de l’ARN transcrit dans le noyau de la
cellule eucaryote : les introns sont
éliminés tandis que les exons sont collés
bout à bout, l’ensemble constituant
l’ARN messager qui se rend dans le
cytoplasme où il sera traduit par les
ribosomes.
les introns
restent à l’intérieur – les exons
sont exportés
négatif
brin
d'acide nucléique dont la séquence est
complémentaire du brin codant.
virus
dont le génome est un brin négatif.
nucléocapside
structure
résultant de l'association des protéines
de capside avec le génome viral.
La
nucléocapside représente le virion dans
le cas des virus nus.
oncogène
gène
codant une protéine capable d’induire
la transformation cellulaire.
Un
oncogène peut être d’origine
cellulaire (gène c-onc) ou
d’origine virale (v-onc).
ORF
(open
reading frame= séquence à
cadre de lecture ouvert)
séquence
nucléotidique encadrée par un codon
d’initiation AUG en 5’ et par un des
trois codons stop en 3’. Une telle séquence
est donc susceptible de coder un
polypeptide qui peut ne pas avoir encore
été identifié.
pandémie
épidémie
mondiale.
la
grippe, le sida sont des pandémies
peplos
du
grec peplos = le manteau
équivalent
de l'enveloppe virale (bicouche
phospholipidique et protéines)
plasmide
élément
génétique extra-chromosomique, capable
de réplication autonome.
De
tels éléments sont fréquemment rencontrés
chez les bactéries et codent des protéines
intervenant dans le pouvoir pathogène
(des facteurs de virulence) ou dans la résistance
aux antibiotiques.
polyadénylation
addition
post-transcriptionnelle par la poly-A
polymérase d'une longue séquence pouvant
atteindre 200 adénines consécutives à
l'extrémité 3' de la plupart des ARN
cellulaires et viraux en ce qui concerne
les virus à multiplication nucléaire.
polycistronique
ARN
messager (ARN-m) transcrit de plusieurs gènes
contigus (un cistron = un gène) et
codant, par conséquent, plusieurs
polypeptides. Cet ARN-m est traduit par
les ribosomes en une protéine géante qui
est ensuite fragmentée.
polyprotéine
protéine
géante synthétisée en une seule pièce
et qui donnera naissance à plusieurs protéines
fonctionnelles après fragmentation par
des protéases virales.
polyprotéine
résultat
de la transcription d’un ARN-m
polycistronique.
Cette
polyprotéine est fragmentée par des protéases
(virales ou cellulaires) en différentes
protéines fonctionnellement différentes.
positif
brin
d'acide nucléique dont la séquence code
une protéine.
virus
dont le génome est un brin positif.
prion
anagramme
de proin : proteinaceous infectious
particle
protéines
particulières que l'on pense responsables
de maladies "infectieuses"
touchant le cerveau : la maladie de
Creutzfeldt-Jakob chez l'homme, l'encéphalopathie
spongiforme bovine.
procaryote
micro-organisme
dont le matériel génétique - un ADN
bicaténaire circulaire unique (donc haploïde :
1 n) – se trouve dans le cytoplasme dont
il n’est pas séparé par une membrane
nucléaire. Les bactéries sont des
procaryotes.
promoteur
région
de régulation située en amont de la
partie codante des gènes composée du
site de fixation de l'ARN polymérase et
des sites de fixation des protéines régulatrices.
Cette région agit en cis, comme
promoteur de la transcription, en
facilitant l’assemblage des protéines
du complexe de transcription.
prophage
génome
d’un bactériophage tempéré (ADN bicaténaire)
qui s’intègre dans le chromosome de la
bactérie-hôte.
Dans
certaines circonstances, le prophage
quitte le chromosome et la bactérie
multiplie le virus.
voir
induction.
protéine
de fusion
glycoprotéine
virale incluse dans l'enveloppe qui est
responsable de la fusion de l'enveloppe
virale avec la membrane cellulaire
introduisant ainsi la nucléocapside dans
le cytoplasme de la cellule-hôte.
protéines
précoces et protéines tardives
les
protéines précoces, synthétisées avant
la réplication, sont le plus souvent des
enzymes intervenant dans la réplication
du génome.
les
protéines tardives sont synthétisées
après la réplication : ce sont des protéines
de structures : capside, glycoprotéines
d'enveloppe, protéine de matrice…
provirus
la rétrotranscription
du génome des rétrovirus (ARN +) forme
un ADN bicaténaire qui s’intégre dans
un chromosome de la cellule-hôte.
L’activation
du provirus entraîne sa transcription par
la cellule et la multiplication du virus.
quasi-espèces
ensemble
d'une population de variants génétiques
d’un même virus à ARN, et dont
l’apparition est liée aux taux de
mutations élevés rencontrés dans cette
classe de virus au cours de la réplication
virale.
récepteur
(viral)
molécule
spécifique de la surface d’une cellule
à laquelle un virus peut se fixer. Le récepteur
d’un virus peut être une protéine ou
un sucre d’une glycoprotéine ou d’un
glycolipide membranaire.
réplicase
enzyme
responsable de la réplication du génome
des virus à ARN.
rétrotranscription
synthèse
d'un ADN complémentaire bicaténaire
(ADNc) à partir d'un ARN, par la
transcriptase reverse (ou rétrotranscriptase)
rétrotransposon
élément
génétique transposable, ressemblant au génome
d’un rétrovirus et encadrée par des
extrémités répétitives inversées.
ribozymes
molécules
naturelles d'ARN douées d'activité
catalytique et se comportant comme des
enzymes vis-à-vis des ARN.
semi-conservative
désigne
le fait qu'au cours de la réplication
chaque brin de la double hélice sert de
matrice pour former une copie.
signal
d'emballage
région
du génome viral dont la séquence nucléotidique
interagit avec des protéines virales pour
permettre l'incorporation d'un génome
dans une particule virale.
sonde
séquence
d'acide nucléique (ADN ou ARN) d'au moins
15 nucléotides, homologue à une séquence
d'ADN ou d'ARN, avec laquelle elle
s'hybride de façon stable et spécifique
par association entre bases complémentaires.
La
sonde subit un marquage radioactif (au 32P,
par exemple) ou froid (enzymatique,
fluorescent, par chimio ou
bioluminescence) afin de repérer et
caractériser les hybrides.
suppresseur
(ARNt)
ARN-t
produit par un gène muté et capable
d'incorporer un acide aminé à
l'emplacement d'un codon non-sens.
Un
ARN-t suppresseur lève le blocage de la
traduction par un codon non-sens.
syncytium
c’est
le produit de la fusion de plusieurs
cellules qui se présente sous la forme
d’une masse cytoplasmique incluse dans
une membrane et contenant plusieurs noyaux
séparés.
transduction
transfert
de matériel génétique d'une bactérie
à une autre (ou d'une cellule à une
autre) par l'intermédiaire d'un virus.
trans-acting
(facteur
agissant en trans)
élément
génétique codant une protéine
diffusible qui agit sur des sites de régulation
proches ou non du site où elle est
produite.
protéines
diffusibles capables de moduler
l'activité, en plus ou en moins, d'un
ou de plusieurs gènes, en interagissant
avec les séquences régulatrices
(promoteurs).
transcriptase
enzyme
responsable de la transcription du génome
des virus à ARN -
qui est obligatoirement présente dans le
virion.
transfection
infection
d’une cellule réalisée
artificiellement par l’introduction de
l’acide nucléique viral seul et non de
la particule virale complète.
transformation
toute
modification de la morphologie, de la
biochimie ou des paramètres de la
croissance d’une cellule.
tropisme
définit
les tissus ou les cellules-hôtes dans
lesquelles un virus est capable de se
multiplier.
vaccin
préparation
contenant une molécule antigénique ou un
mélange d’antigènes suscitant une réponse
immunitaire spécifique.
On
peut distinguer trois types de vaccins
viraux : des vaccins " tués "
(virus pathogènes inactivés), des
vaccins " vivants "
(virus atténués par des mutations), des
vaccins " sous-unités "
(mélange de sous-unités vaccinantes)
virion
particule
virale morphologiquement complète
infectieuse.
viroïde
ARN
monocaténaire circulaire infectieux de
petite taille (200 à 400 nucléotides) ne
codant aucune protéine mais capable de se
répliquer.
Les
viroïdes n’ont été rencontrés
jusqu’ici que chez les végétaux.
virus
helper
virus
suppléant les fonctions absentes dans un
virus défectif, lui permettant en cas de
co-infection, de se multiplier
normalement.
virus
lytique
virus
provoquant la destruction physique de la
cellule infectée au cours de la phase de
libération.
Les
virus nus sont souvent des virus lytiques.
zoonose
infection
transmise de l’animal à l’homme.
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